Binnen de Raad van Toezicht zijn twee commissies actief. De financiële commissie bestaat uit de heer R.F.C. Stroeks en mevrouw drs. M.M. Smits. De benoemings -en remuneratiecommissie is mevrouw S. El Hamdaoui – en de heer drs. D.W. Chevalier.
Volgens de statuten van de Stichting Koninklijke Rotterdamse Diergaarde (art. 9 lid 2c) wordt één lid van de Raad van Toezicht op voordracht door de Gemeente benoemd en één lid op voordracht van de Ondernemingsraad.
Mevrouw Dr. M.M. Voeten is benoemd op voordracht van de Gemeente. Mevrouw prof. dr. M. Lückerath-Rovers is benoemd op voordracht van de Ondernemingsraad.
De directie en het bestuur van de Stichting Koninklijke Rotterdamse Diergaarde wordt sinds 1 augustus 2017 gevormd door de heer E.J. Zevenbergen.
De beloning voor de directeur-bestuurder wordt door de Raad van Toezicht vastgesteld, waarbij in het verleden altijd de Gemeente-CAO het uitgangspunt is geweest. Er zijn geen bonusregelingen. Hoewel de Diergaarde sinds 2013 officieel de Leisure-CAO volgt, zijn de salarissen voor de toen aanwezige medewerkers gegarandeerd volgens de op 1 april 2013 geldende schaalindeling van de Gemeente-CAO. Voor de sinds april 2013 aangenomen medewerkers is de Leisure-CAO van kracht.